Sesuai dengan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia (PMA) nomor 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama, susunan organisasi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Temanggung sebagaimana dimaksud dalam Pasal 562 terdiri atas :
- Kepala Kantor;
- Subbag Tata Usaha;
- Seksi Pendidikan Madrasah;
- Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren;
- Seksi Pendidikan Agama Islam;
- Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah;
- Seksi Bimbingan Masyarakat Islam;
- Penyelenggara Zakat dan Wakaf;
- Penyelenggara Katolik;
- Penyelenggara Buddha; dan
- Kelompok Jabatan Fungsional.