Sejarah Kementerian Agama (Kemenag) Temanggung berawal dari perubahan nama dan struktur instansi urusan agama di daerah, yang sebelumnya dikenal sebagai Dinas Urusan Agama dan Kantor Departemen Agama, hingga akhirnya menjadi Kemenag Temanggung setelah adanya Peraturan Menteri Agama (PMA) Nomor 01 Tahun 2010.
- 1946: Pendirian Kementerian Agama sebagai bagian dari pemerintahan Indonesia
- 1950: Perluasan fungsi kementerian untuk mencakup berbagai layanan agama dan sosial
- 1970-an: Pengenalan kebijakan untuk memodernisasi pendidikan agama dan mempromosikan dialog antaragama
- 1998: Era reformasi yang meningkatkan transparansi dan akuntabilitas dalam kementerian
- 2000-an: Pelaksanaan berbagai program untuk meningkatkan peran agama dalam pembangunan nasional
- 2015: Peluncuran sistem informasi terpadu untuk meningkatkan pelayanan dan akses publik